數年前,一位來自加州大學伯克利分校的客戶聯系MOBIO技術部。她要提取西方知更鳥糞便微生物DNA。用PowerSoil Kit提取,嘗試過好多次都未能成功。我們都知道糞便里頭塞滿了微生物DNA,DNA就在里頭。我們過一遍疑難點列表:樣品采集方法得當,保存得當,也正常按照說明書操作。運氣那么差?真見鬼了!那到底怎么回事呢?我們從各種各樣的糞便樣品提取DNA一點兒問題都沒有!為了找到問題所在,我們建議她郵寄少量糞便樣品過來,以便做實驗。

我們變換著方法:不同的研磨珠、不用的珠磨研磨時間、不同的裂解緩沖液、+/-加熱等,看哪個方案可行。最后,解決辦法原來如此簡單!那是我們意外發現的。在實驗的尾聲,樣品不夠。為了完成最后幾個實驗,我們不得不減少加樣量。正常情況下,我們的土壤和糞便試劑盒的最佳工作加樣量大概是250mg。這次,當我們跑膠查看提取的DNA時,驚訝地發現使用最少量樣品的得率居然最高!也就是說,她只要減少加樣量就能獲得很好的結果。說實在的,誰想要那么多便便?
這似乎看起來與我們的經驗有點相悖。但由此經驗延伸,其它某些類型糞便樣品也適用。胎糞,嬰兒哺乳動物最早的糞便,粘度很高柏油樣。我們的一位美國客戶試用PowerSoil DNA Isolation Kit,勇敢地接受從胎糞中直接提取DNA的任務。剛開始提不到任何可檢測的DNA。因為胎糞的細菌含量很低,下意識地不斷增加加樣。但無論如何,什么也提不出來。然后,該客戶聯系到MOBIO的技術部。我們排除了所有常見原因無果。后來想到知更鳥糞便的例子,就建議他減少加樣量。他把加樣量減少到50mg時,突然檢測到了干凈的DNA!
接著,我們也看到了減少加樣量同樣適用于高腐植酸樣品和凍干土樣。使用太多樣品反而導致DNA提取無法實行。那原因何在?我們也不確定,但我們估計問題可能在于我們獨一無二的抑制因子去除技術(IRT)。對于特定含量PCR抑制因子的樣品,IRT化學試劑可絡合抑制因子并通過離心與DNA分離開。但當抑制因子含量過高時,我們估計DNA會隨著抑制因子一起比沉淀。在IRT步驟簡單地提高溶液使用量并不能奏效。最好的解決辦法是減少加樣量。否則,將導致所有,至少絕大部分DNA隨抑制因子被去除掉。
另外,下次使用MOBIO帶有IRT技術的試劑盒時,若樣品含大量PCR抑制因子(或者你覺得),嘗試減少加樣量。簡單的方法可能可以把你的研究帶回正軌。如你之前聽說的,有時候少即是多,DNA就是這樣。