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        提取混雜樣品中的DNA

        作者:Michelle Tetreault Carlson 來(lái)源:美國MoBio實(shí)驗室【字號:

        大多數情況下選擇一款合適的DNA盒子都很簡(jiǎn)單。如果你要提取肺部組織DNA,就選Tissue DNA Isolation Kit。如果要提取微生物純培養的DNA,選Microbial DNA Isolation Kit。但若你要提取的是肺組織里頭的微生物DNA呢?該選Tissue DNA Isolation Kit,還是Microbial DNA Isolation Kit呢?若要提取土壤樣品中動(dòng)物組織的DNA時(shí),又該選擇Tissue DNA Kit還是Soil DNA Isolation Kit呢?問(wèn)題有點(diǎn)棘手。這類(lèi)復雜狀況賬MOBIO技術(shù)支持收到的技術(shù)咨詢(xún)一大部分。針對這些問(wèn)題,我們一直在研究說(shuō)明書(shū)應對不同場(chǎng)景。下面我們來(lái)探討3種最常見(jiàn)的情景,以及給出了最佳處理辦法。

        提取組織樣品中的微生物DNA

        使用的試劑盒:UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation Kit 動(dòng)物組織細胞DNA提取試劑盒

        傳統組織試劑盒非常適合提取真核細胞DNA,但通常對微生物細胞提取效果不好。微生物細胞更難裂解。所以客戶(hù)對于我們建議使用UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation kit提取感染動(dòng)物組織細菌或真菌DNA時(shí)都會(huì )倍感驚訝。MOBIO的UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation kit一大優(yōu)勢是采用的珠磨研磨法均質(zhì)化組織。研磨珠套管帶有0.7mm石榴石研磨珠非常適合用于裂解細胞和真菌細胞。動(dòng)物組織和微生物DNA用這款試劑盒都能提取到。最后用微生物特意引物擴增感興趣的細菌或真菌DNA即可。

        提取土壤或糞便樣品中的組織DNA

        使用的試劑盒:PowerSoilPowerFecal(12830.htm) DNA Isolation Kit(修改說(shuō)明書(shū))

        如果想要提取土壤生物蠕蟲(chóng)或糞便中人的上皮細胞DNA呢?正常情況下都會(huì )選擇Tissue Kit來(lái)提取真核細胞DNA。但是土壤和糞便中充滿(mǎn)了各種討厭的PCR抑制因子。一款Tissue Kit不會(huì )包含去除這些東西的化學(xué)試劑。為了有效去除腐植酸和多糖等抑制因子,我們建議使用一款含有專(zhuān)利抑制因子去除技術(shù)(IRT技術(shù))的試劑盒。MOBIO的PowerSoil PowerFecal都使用了IRT技術(shù)。這是,新的問(wèn)題又來(lái)了。PowerSoil和PowerFecal Kits是專(zhuān)門(mén)用來(lái)提取微生物DNA的。它們采用珠磨研磨法和去垢劑裂解細菌及真菌,不含有用于去除細胞核組蛋白用的蛋白酶K。(原核生物沒(méi)有細胞核)

        解決辦法是在提取過(guò)程中加入蛋白酶K。我們建議在實(shí)驗開(kāi)始前往Bead Tube中加入20μl 蛋白酶K(20mg/μl),完成珠磨研磨后立即65℃孵育30min。如果樣品不是一大塊組織,可以減少甚至放棄珠磨研磨。

        植物中的細菌和/或真菌DNA

        使用的試劑盒:PowerPlant Pro DNA Isolation Kit,不用修改說(shuō)明書(shū)

        PowerPlant Pro DNA Isolation Kit專(zhuān)門(mén)設計用于提取各類(lèi)植物組織樣品DNA。跟PowerSoil Kit一樣含有用于去除多糖和腐植酸等抑制因子的IRT技術(shù)。同時(shí),它還是酚類(lèi)分離溶液(PSS溶液),在細胞裂解前加入以防止多酚類(lèi)成分(黃酮類(lèi)、花青素、木脂素類(lèi)、單寧酸等)與DNA發(fā)生共價(jià)結合。PowerPlant Pro Kit在提取過(guò)程中也是用了珠磨研磨法,用直徑2.4mm的大個(gè)不銹鋼研磨珠高效破碎植物葉片、莖、根等樣品。

        但是,如果你研究的是植物的微生物組學(xué),需要的不是植物DNA呢?在這種情況下,你可能希望盡可能地減少植物DNA,更多的提取到微生物DNA。植物樣品需要IRT技術(shù)來(lái)去除多糖多酚,所以Microbial Kit不適合你。然而,細菌和真菌用類(lèi)似Microbial Kit里頭的小個(gè)頭研磨珠才能更有效裂解。我們通常根據要提取的是植物內部還是表面微生物DNA來(lái)推薦如何修改PowerPlant Pro Kit的珠磨研磨方法。微生物不在植物內部,在表面或接近表面,你可以換用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠以盡可能減少植物DNA的釋放。如果微生物深入在植物組織內部,此時(shí)仍需要用2.4mm不銹鋼研磨珠來(lái)打碎樣品,在加入0.1mm玻璃研磨珠幫助增強微生物細胞的裂解。

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