科研小技巧：從棉拭子提取微生物或宿主DNA

我們的技術團隊常常收到一些關于提取口腔棉拭子或其它拭子DNA的咨詢。根據一些客戶反饋的信息給出下面的建議。其中是否需要珠磨研磨，取決于提取目標是微生物DNA還是人類（或者宿主）細胞DNA。

宿主的真核細胞在含胍裂解緩沖液和蛋白酶K的作用下很容易裂解。不需要使用到機械裂解。而微生物DNA的提取則要機械作用力輔助才能獲得理想的得率。因此，根據你的樣品類型不同和污染程度，我們給出了幾個提取拭子DNA的建議。

提取棉拭子人類（宿主）DNA或容易裂解的細菌：

推薦使用Blood Spin DNA Kit：

1、使用棉拭子反復刮擦口腔內壁（8-10次）。棉拭子可室溫下干燥保存運輸，直到有處理條件。

2、把拭子浸泡在200μl 10mM Tris，1mM EDTA中。若溶液不能淹沒拭子，可把溶液量增加到400μl。

3、在緩沖液中攪動拭子一分鐘，釋放細胞。

4、可以的話摘下棉拭子頭部并留在Tube管里，否則按照步驟6方法處理，接著步驟5繼續。

5、加入等體積Blood Spin Kit的B1溶液（400μl TE緩沖液對應400μl B1溶液）和10μl 蛋白酶K。

6、50-60℃消化30min。

7、棉拭子貼壁盡可能擠出水分，然后丟棄。

8、加入等體積（400μl）的100%乙醇（B2溶液），然后把DNA綁定到兩個離心管中，每管600μl。

9、接著試劑盒原說明書繼續進行。

人類或細菌細胞：

另一款提取人類細胞或細菌細胞的珠磨研磨試劑盒是UltraClean Tissue and Cells DNA Isolation Kit。此試劑盒使用了大直徑的石榴石研磨珠和強力裂解緩沖液。也引入蛋白酶K消化以提高得率。

10、從口腔（方法如上文說描述）或環境采樣后，把拭子放入含1mL TD1裂解緩沖液的Tube管中。若你要提取微生物DNA，直接把拭子放入試劑盒提供的Bead Tube中。攪動拭子把細胞釋放到緩沖液中�？梢缘脑�，摘下拭子的頭部一起進行消化處理。

12、棉拭子貼壁盡可能擠出水分，然后丟棄。

13、若提取的是微生物DNA，按照說明書渦旋振蕩處理。若提取宿主DNA，此時可直接進行離心柱DNA綁定步驟。

富含PCR抑制因子的樣品：

有些客戶提取的樣品富含PCR抑制因子。比如某些實驗室用拭子采集動物或嬰兒直腸樣品來分析糞便微生物。從環境中直接采樣，灰塵等也可能抑制PCR。此時BiOstic Bacteremia DNA Isolation Kit最適合。盒子采用了2ml 研磨管可以容納整個拭子頭，還有專門提取微生物細胞用的0.15mm的石榴石研磨珠。強力的裂解緩沖液和IRT技術可去除所有PCR抑制因子。

14、拭子放入Bead Tube中，加入450μl CB1溶液（試劑盒提供的裂解緩沖液）。

15、在緩沖液中攪動拭子一分鐘，釋放細胞。

16、可以的話摘下棉拭子頭部并留在Tube管里。棉拭子貼壁盡可能擠出水分，然后丟棄。

17、接著說明書繼續。難裂解微生物類型，需要在渦旋振蕩步驟前70℃水浴15min。

18、按說明書繼續。

雖然Bacteremia Kit采用珠磨研磨和強力裂解緩沖液，最適合提取微生物樣品，但如果你想提取富含抑制因子的人類DNA（如，采樣前未禁食的人的口腔樣品），這款盒子也同樣適用。

此時，不要使用試劑盒的Bead Beating Tube，把拭子放入一個裝有450μl CB1裂解緩沖液的標準微型離心管中浸泡。數分鐘后擠出拭子水分，丟棄拭子。水浴加熱裂解細胞，可加入10μl 蛋白酶K進行消化。接著加入用于去除抑制因子CB2溶液，繼續下面步驟。

根據樣品來源和目標細胞類型，我們有許多方法提取拭子DNA。如果你有任何疑問，或有些不同尋常的樣品需要特別的建議，請隨時聯系我們。