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        棉拭子微生物DNA/RNA的提取

        作者:Michelle Tetreault Carlson 來源:美國MoBio實驗室【字號:

        前面我們發布了一篇關于使用MOBIO試劑盒提取棉拭子DNA的文章。提出了基于PCR抑制因子含量、要提取的是微生物還是真核生物DNA的建議。文章包括了不同試劑盒轉移棉拭子到研磨管或者收集管的技巧。棉拭子作為一種最快捷容易的樣品采集方式,一直都是技術支持的熱門話題。

        在前一篇棉拭子文章之后,我們又開發出了兩款新的試劑盒,一款提取RNA,一款用于高通量快速機械裂解低微生物豐度/低抑制因子含量棉拭子樣品微生物細胞。

        提取棉拭子RNA

        PowerMicrobiome RNA Isolation Kit專門設計用于快速簡便提取富含PCR抑制因子樣品的總RNA。使用這款試劑盒提取棉拭子,可把棉拭子直接放入含有650μl PM1/βME Solution的Bead Tube中。若棉拭子之前是冷凍保存的,請確保在放入到Bead Tube前沒被化凍。樣品的反復凍融會破壞細胞,并釋放大量RNase到樣品中。樣品一拿出冰箱就直接放入到緩沖液中。在緩沖液中攪動棉拭子,靜置數分鐘以釋放細胞到溶液中。如果棉拭子的頭部可以弄下來,就把它留在研磨管中。否則對著管壁盡可能把棉拭子中的水分擠壓出來,跟著說明書余下步驟操作。

        高通量提取棉拭子

        UltraClean-htp 96 Well Swab DNA Kit可以高通量機械裂解棉拭子上的微生物細胞。它并不是一款DNA提取試劑盒,而是直接PCR試劑盒。把棉拭子放到含有0.1mm玻璃研磨珠和SW1 裂解緩沖液的96孔板中。把棉拭子的柄折斷,高度要低于96孔板,進行珠磨研磨。裂解物可直接進行PCR。此試劑盒只能用于含有極少抑制因子而微生物豐度很低的樣品,如皮膚棉拭子。

        下表集合了MOBIO兼容棉拭子的試劑盒,希望能幫助你快速找到合適的試劑盒。

        挑選一款最適合的棉拭子提取試劑盒
        宿主DNA
        微生物DNA
        宿主或微生物RNA
        低通量
        含較少抑制因子 PowerLyzer UltraClean® Tissue & Cells RNA Isolation Kit
        富含抑制因子
        (no bead beating)
        高通量
        含較少抑制因子  
        富含抑制因子

        棉拭子的保存

        最近問棉拭子保存方法的比用哪款試劑盒要多?蛻魰䥺柕綇牟蓸拥竭\送回到實驗室前,應該加入什么樣的緩沖液來保存棉拭子。"最好是什么都不要加",這個答案或許讓很多人感到驚訝。

        科羅拉多大學Rob Knight實驗室在國家科學院(PNAS)發布的一項關于儲存條件對皮膚棉拭子細菌群落多樣性影響的研究。報告中用濕潤的無菌棉拭子擦拭皮膚表面后立刻置于-20℃或-80℃冷凍保存,或放在15ml 圓底Tube管自然干燥。樣品靜置3至14日后提取細菌DNA。隨后的分析結果表明,幾種不同的保存條件下的棉拭子細菌多樣性幾乎沒有差異。對于距離冰箱很遠的采樣地點,未來要提取棉拭子DNA的你,可以松一口氣了。

        棉拭子是個好用的東東

        你會發現,就算MOBIO名字上不帶"棉拭子",他們仍適合提取棉拭子樣品。若你不確定該用哪款盒子,先想想抑制因子和細胞類型。而且你不需要用任何昂貴緩沖液保存棉拭子。

        (1)Forensic identification using skin bacterial communities皮膚細菌群落輔助法醫學鑒定
        Noah Fierer, Christian L. Lauber, Nick Zhou, Daniel McDonald, Elizabeth K. Costello, and Rob Knight PNAS, Apr 2010; 107: 6477 – 6481.

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